Popri dolnom Kostole Panny Márie vyrástol v Kláštore pod Znievom aj jeho starobylý náprotivok — horný kostol zasvätený svätému Mikulášovi. Historické pramene naznačujú, že už v 14. storočí tu stávala fara a osobitný chrám, ktorý spravoval duchovný život tunajšej komunity.
Pôdorys kostola dodnes pripomína Prepoštský kostol Panny Márie. Rovnaké zakončenie svätyne, podobná klenba… no pôvodný gotický charakter sa časom vytratil. Množstvo úprav a reštaurácií mu vtlačilo novú tvár — takú, akú vidíme dnes.
Keď vstúpite dnu, zrak okamžite zaujme majestátny barokový oltár svätého Mikuláša s reliéfnym výjavom tohto obľúbeného patróna. A predsa, medzi novšími prvkami prežili aj stopy dávnej gotiky. Reštaurátori od halili fragmenty pôvodnej kamennej architektúry — starší gotický portál či historické dvere, ktoré pripomínajú dávne stáročia.
Ako sme už spomínali, vežu kostola zdobia zvony, ktoré daroval biskup Jozef Kluch. Aj vďaka nemu pôsobí chrám tak ucelene a majestátne.
Súčasnú podobu získal kostol pri úprave v 30. rokoch 20. stor., keď kostol vymaľovala firma Šramek a syn vďaka finančným darom profesorov a žiakov znievskeho gymnázia, je po komplexnej rekonštrukcii, ktorá trvala viac ako 10 rokov .
Dnes je kostol svätého Mikuláša farským kostolom Kláštora pod Znievom — živým centrom miestnej viery a tradície.